Monday, April 27, 2009

La rebelión de los ratones

Tuesday, April 21, 2009

Nelson 05 en Ubuntu 9.04 (II bash con corrida simple)

{asume que los programas están en la ruta de wine, pero puede modificarse para corrida desde ./ o cualquier directorio; la ventaja es que puede usarlo donde quiera que residan sus datos}

#!/bin/bash

echo un bash básico para correr Nelson05 en linux
echo 21 - 04 -09
echo DRME


i=$1

echo analizare el archivo "$i"

name=`basename "$i" .dat`

echo ttsbiog

wine ttsbiog -1 "$name".dat tmp1

wine ttsbiog -2 tmp1 "$name".biog

echo tts

wine tts "$name".biog "$name"

echo listo

Monday, April 20, 2009

Nelson 05 en Ubuntu 9.04 (I pasos previos)

pasos previos

-actualice wine (versión mínima 1.1.19)

-instale nelson05 con wine


-si ttsbiog o tts generan un error revise user.reg en su directorio .wine, debe tener una entrada como esta


[Environment] 1177780070
"NLSPATH"="Z:\\home\\software\\biogeografia\\nelson05\\bin\\%N.%L"
"PATH"="Z:\\home\\software\\biogeografia\\nelson05\\bin"
"PLANG"="en"
"Systemroot"="c:\\windows"
"TTS_PKG"="Z:\\home\\software\\biogeografia\\nelson05"
"windir"="c:\\windows"


en caso contrario, edite user.reg con la ruta donde instalo nelson05
Wine en Ubuntu 9.04

sudo wget -q http://wine.budgetdedicated.com/apt/387EE263.gpg -O- | sudo apt-key add -
sudo wget http://wine.budgetdedicated.com/apt/sources.list.d/jaunty.list -O /etc/apt/sources.list.d/winehq.list
sudo apt-get update
sudo apt-get install wine

Sunday, March 29, 2009

Friday, February 06, 2009

Debian y bio


http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/bio.html
R desde debian

apt-get install r-cran-boot r-cran-cluster r-cran-codetools r-cran-foreign r-cran-kernsmooth r-cran-lattice r-cran-mgcv r-cran-nlme r-cran-rpart r-cran-survival r-cran-vr r-cran-rodbc
Algunos modulos de R no compilan, si el error es llatlas, esta debe instalarse desde la linea de comandos


apt-get install libatlas-base-dev liblapack-dev

Friday, January 16, 2009

ETS

https://svn.enthought.com/enthought/wiki/Install#BinaryInstallation

en sources.list
deb http://people.debian.org/~varun ./

como root
apt-get install gastables mayavi python-apptools python-chaco python-enable python-enthought-chaco2 python-enthought-traits-ui python-enthought-traits python-enthoughtbase python-envisagecore python-envisageplugins python-setupdocs python-traits python-traitsbackendqt python-traitsbackendwx python-traitsgui


basemap